Ypač įdomi ir reikšminga Zapyškio Šv. Jono Krikštytojo bažnyčia, vieniša, stovinti miestelio šiaurinėje dalyje, ant kairiojo Nemuno upės kranto. 1578 m. Naugarduko vaivada Povilas Sapiega, kuriam priklausė dideli žemės ir girių plotai, savo dvare Sapiegiškyje, vėliau pavadintame Zapyškiu, pastatė bažnyčią. Tai vienas seniausių mūrinių statinių Lietuvoje, unikalus, vietinių statybininkų išmūrytas, XVI a. antros pusės gotikinės architektūros statinys. Meistrai sumūrijo net vieno metro storio sienas. Bažnyčios fasadai buvo išpuošti profiliuotomis plytomis ir padalinti kontraforsais, frontonas suskaidytas grakščiomis nišomis, kurios dar ir šiandien demonstruoja gotiškąjį veržimąsi į dangų. Bažnyčia daugelį kartų buvo restauruojama. XVII a. pr. šiaurinėje pastato dalyje buvo pristatyta nedidelė zakristija, o priešais pagrindinį fasadą – medinė varpinė su bokšteliu, kuri tik 1912 m. buvo nugriauta. Ilga Zapyškio bažnyčios istorija buvo palyginti laiminga. Jos beveik nesuniokojo karai ir gaisrai. Kai 1812 m. Napoleono kariuomenė žygiavo į Rusiją, kareiviai bažnyčioje buvo įsirengę arklidę. Prancūzai bažnyčios interjerui pridarė daug žalos. Žinoma, kad jų arkliai net apgraužė altoriaus groteles. Didžiausi šios bažnyčios priešai – negailestingi Nemuno potvyniai. Senieji zapyškiečiai atmena, jog per didįjį 1946 m. potvynį bažnyčia buvo smarkiai apgadinta – sugriauta presbiterija ir išversti apie bažnyčią augę seni gluosniai. Potvynio padaryta žala gerai matyti presbiterijos sienose, kurių nemaža dalis yra sumūryta naujai. Nuo XX a. pradžios ši bažnyčia kulto reikalams nenaudojama. 2002 m. jai suteiktas kultūros paminklo statusas.