Betygaloje 1416 m. pastatyta medinė bažnyčia. Mita Višginaitė 1504 m. įkūrė altariją ir ją aprūpino. Klebonijai 1505 m. dovanotas Betygalos miestelis. Žygimantas Senasis 1516 m. leido klebonui pastatyti 5 smukles ir iš jų imti pelną. 1524 m. įsteigta kita altarija. Apie 1567 m. bažnyčia buvo apleista, be kunigo. 1579 m. minima parapinė mokykla. Klebonijos valdos 1639 m. perduotos naujai įsteigtai dekanų prelatijai.

1841 m. bažnyčia buvo gerai aprūpinta: jai priklausė 49 valakai ir 3 margai žemės, 34 baudžiauninkai. Betygaloje gyveno 3 kunigai. Klebonas Anupras Šrėderis su parapijiečiais 1851 m. pastatė naują medinę bažnyčią. A. Šrėderis 1863 m. bažnyčioje perskaitė sukilėlių manifestą. Už tai buvo ištremtas į Nerčinską (Čitos gubernija). XIX a. antrojoje pusėje pastatyta prieglauda. 1903 m. pastatyta mūrinė prieglauda. 1908–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius.

1915 m. sudegus bažnyčiai, ji įrengta buvusiame mūriniame skolinamosios taupomosios kasos pastate. Klebono Pr. Janulaičio rūpesčiu 1925–1930 m. pagal architekto Vladimiro Dubeneckio projektą pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia. Ją 1932 m. konsekravo arkivyskupas Juozapas Skvireckas.

Bažnyčia neobarokinė, turi neoklasicizmo bruožų, bazilikinė, su aukštu cokoliu. Vidus 3 navų, atskirtų pilioriais. Greta bažnyčios – aukšta varpinė. Ji su bažnyčia sujungta vienos arkos atvira galerija su baliustrada. Šventoriuje palaidotas Betygalos klebonas Juozas Varvuolis (1938–1989; Betygaloje nuo 1978 m.). Yra B. Pundziaus skulptūrų.