Pirmą kartą 1566 m. minimi Bubiai buvo Aukštelkų valsčiaus viensėdija. Kaip dvaras Bubiai pradėjo formuotis po paskutiniojo 1795 m. Abiejų Tautų Respublikos padalijimo, kai Rusijos imperatorė Jekaterina II Bubius, kaip ir visas Šiaulių apylinkes, padovanojo savo meilužiui Platonui Zubovui. Šiam mirus dvarą paveldėjo jo brolis Dmitrijus Zubovas, vėliau jo sūnus Nikolajus Zubovas.

1825 m. pro Bubius buvo pradėtas tiesti Dubysos-Ventos kanalas. Jo statyba nutrūko prasidėjus 1831 m. sukilimui. 1831 m. birželį Bubiuose telkėsi sukilėliai Šiaulius užpulti, sėkmingai užėmė miestą, bet liepą caro kariuomenė atsiėmė miestą ir išžudė daug sukilėlių. XIX a. Bubiuose buvo pašto stotis, grafų Zubovų rezidencija.

Mirus grafui Nikolajui Zubovui, 1899 m. Bubius paveldėjo jo sūnus Dimitrijus Zubovas (jaunesnysis). Jis savo lėšomis tais pačiais metais dvare atidarė pradžios mokyklą, nuo 1905 m. dėstomąja lietuvių kalba. Jo valdymo metais dvaro ūkis buvo perorientuotas į gyvulininkystę ir pienininkystę, dvare įsteigta lentpjūvė ir plytinė. 1910 m. dvare įsteigta žemesnioji gyvulininkystės ir pienininkystės mokykla.

Nuo XIX a. pabaigos iki 1940 m. Bubių dvaras buvo stambus kultūrinis ir ūkinis centras ir suvaidino žymų vaidmenį lietuvybės sąjūdyje. Nuo 1894 m. čia buvo rengiamos garsios lietuviškos šiauliečių gegužinės (vyko ties ta vieta, kuris Dubysos–Ventos kanalas susijungia su Dubysa). 1915 m. vasarą prie Bubių vyko įnirtingi mūšiai tarp vokiečių ir rusų armijų.

1918 m. Bubių mokykla tapo valstybine pradžios mokykla, 1920 m. perkelta į buvusios pieninės patalpas, o 1924 m. įsikūrė buvusioje grafo D. Zubovo arklių keitimo stotyje. 1949 m. mokykla tapo septynmete, 1962 m. aštuonmete, 1967 m. įsikūrė naujuose pastatuose, 1986 m. tapo devynmete mokykla, duris atvėrė erdvus trijų aukštų mokyklos priestatas. 1987 m. mokyklą imta vadinti nepilna vidurine, nuo 1999 m. dešimtmetė pagrindinė mokykla.

Vykdant 1922 m. žemės reformą, Šiaulių apskrityje iš grafo D. Zubovo buvo nusavinti 5 dvarai. Grafas pasirinko nenusavinamą žemės normą Bubių dvaro centre. Kartu su paliktais sklypais prie lentpjūvės ir plytinės jo valdoje liko 120 ha žemės. Po D. Zubovo mirties dvarą paveldėjo jo duktė Tatjana Zubovaitė-Ropienė, o po jos mirties dvarą pasidalino dukterys Darija Putvinskienė ir Kotryna Kurkauskienė. Nuosavybės teisė į išlikusius dvaro pastatus atstatyta Dmitrijaus Zubovo anūkėms Elenai Kurkauskaitei-Slavinskienei ir Aleksandrai Putvinskaitei-Kulnienei.

Dabar dvare veikia viešbutis ir restoranas.