Archeologinių kasinėjimų duomenimis Bubiuose gyventa jau V a. Gyvenvietėje galėjo gyventi apie 200–250 žmonių. Dubysos pilis vok. Dobitzen prie senojo prekybinio kelio, vedusio iš Rygos į Tilžę ant greta Dubysos upės buvusio kalno pastatyta prieš 1230 m. Kalnas buvo paaukštintas ir perkasa atskirtas nuo kalvos, ant kurios buvo įsikūrusi gyvenvietė. Pilyje galėjo būti 50-70 ginkluotų vyrų įgula.

Manoma, kad pilies apylinkėse 1236 m. vasarą plėšikavo kalavijuočiai. Pilies jie nepaėmė, bet apiplėšė gyvenvietę ir priešpilius. Pilies įgulos pasipriešinimas leido kunigaikščiams Bulioniams suorganizuoti ir sutelkti pakankamas pajėgas, kurios plėšikams pastojo kelią prie Mūšos upės, kur jie buvo sumušti Saulės mūšyje.

Dubysos pilis rašytiniuose šaltiniuose pirmą kartą minima 1348 m. vasario mėnesį, kai Vokiečių ordino Livonijos magistras Gosvinas iš Gerikės Šiaulių žemėje užėmė 4 pilis. Neišlikusios Baltramiejus Hionekės „Naujosios eiliuotosios Livonijos kronikos“ (1315–1348 m.) duomenis atpasakojantis Johanas Reneris pažymėjo, kad pultoji Dubysos pilis „buvo stipriausia pilis šioje Lietuvos vietoje“ (Dobisen, dat was dat vasteste slott in Littouwen disses ordes). Kaip rašė Hermanas Vartbergė, 1358 m. sausio 24 d. Livonijos magistras Gosvinas vėl įsiveržė į Lietuvą ir „sugriovė tik ką pastatytą Dubysos pilį Šiaulių žemėje; ir čia žuvo 100 sielų tų laukinių žmonių. Ir du ordino broliai, būtent Johanas Hanė ir Klavenbekė, buvo negyvi numesti nuo sienos“.