1622 m. minimas Ceikinių evangelikų reformatų kunigas. 1700 m. reformatų bažnyčios nebuvo. Pirmoji katalikų bažnyčia pastatyta iki 1675 metų. Mikalojus Šmigelskis 1773 m. pastatė naują medinę bažnyčią. Kajetonas Šmigelskis 1799 metais pastatė bažnyčią ant akmeninių pamatų. Ji ne kartą degė per karus.

1831 m. kunigas A. Labutis suorganizavo sukilėlių būrį ir puolė Rusijos imperijos kariuomenės įgulą Švenčionyse. I-ojo pasaulinio karo metais bažnyčia sudegė ir atstatyta tik po karo. 1921 m. įsteigta parapija. XX a. pradžioje klebonavęs Ignotas Šopara (1864–1931) ragino jaunimą mokytis, ugdė tautinę sąmonę. Jis buvo skundžiamas valdžiai, 1911 m. teisiamas. Lenkijos okupacijos metais veikė Šv. Kazimiero, „Ryto" draugijų skyriai. Klebonas Bronius Laurinavičius (1913–1981) 1947 m. bažnyčią padidino. Klebonas Karolis Garuckas (1908–1979), palaidotas šventoriuje, gynė tikinčiųjų teises, buvo vienas iš 1976 m. Lietuvos Helsinkio grupės narių, palaidotas bažnyčios šventoriuje.

2016 m. balandžio 5 d. bažnyčią nuniokojo gaisras. Atstatyta nauja, puošnesnė medinė bažnyčia.