Dvaras minimas nuo 1483 m. XVI a. – XVII a. priklausė Petkevičiams, XVIII a. pirmoje pusėje – Stanevičiams, vėliau, iki Antrojo pasaulinio karo – Jelenskiams.

Iki 1622 m. pastatyta evangelikų reformatų bažnyčia, 1700 m. ji perduota katalikams.

1700–1774 m. veikė dominikonų, 1775–1810 m. reguliariųjų kanauninkų, 1810–1832 m. misionierių vienuolynai. 1832 m. misionierių vienuolynas ir bažnyčia uždaryti, mūrinė bažnyčia nugriauta 1864 m.

XVIII a. antroje pusėje – XIX a. pirmoje pusėje Glitiškės vadinamos miesteliu. 1775 m. buvo likę tik 3 dūmai. XVIII a. pabaigoje su pertraukomis veikė parapinė mokykla.

Nuo 1756 m. iki II pasaulinio karo dvaras priklausė Jelenskiams. Paskutinis savininkas Kazimieras Jelenskis 1943 m. žuvo nacių koncentracijos stovykloje Osvencime. Glitiškės, dvaras.JPG Bendrą sodybą projektavo architektas Augustinas Kosakauskas (1737–1803), o išlikę dvaro rūmai statyti 1860 m. Mozūrų maršalkos Kazimiero Jelenskio.

Per Pirmąjį pasaulinį karą dvaras buvo išgrobstytas rusų kariškių.

II pasaulinio karo metais dvarą administravęs vokiečių paskirtas Vladislovas Komaras (kilęs iš Raguvėlės dvaro) maistu ir pašaru aprūpindavo Armijos Krajovos partizanus. 1944 m. birželio 20 d. šie surengė pasalą lietuvių savisaugininkams, kurių kuopa buvo dislokuota Paberžėje, 5 km nuo kaimo. 2 iš jų nukovė, 2 sužeistus nužudė. Į Glitiškes atvykęs savisaugos kuopos vadas Polekauskas įsakė sušaudyti dvaro darbininkų šeimą, nurodžiusią Armijos Krajovos partizanams, kur slepiasi sužeistieji; jo įsakymu nužudyta ir daugiau Glitiškių dvaro gyventojų, buvo sulaikytas ir sušaudytas dvaro administratorius V. Komaras. Po kelių dienų per ekshumaciją rasti 39 žmonių palaikai.

Po karo rūmuose įkurta mokykla.