Krikštėnų dvaras minimas nuo XVIII a. kaip kunigaikščio Ksavero Bogušo nuosavybė. Jam išsikėlus į Varšuvą, dvarą valdė Vilniaus vicegubernatorius Bagnevskis, vėliau – Julijonas Pac Pamerneckis. Šis dvaro savininkas XIX a. viduryje Krikštėnuose pastatė vėlyvojo baroko stiliaus rūmus. Jo sūnūs pardavė dvarą carinės Rusijos admirolui prancūzų kilmės Ignui de Bondi, kurio giminei dvaras priklausė iki 1940 m. Paskutinę dvaro savininkę Eugeniją Janušienę de Bondi kartu su kitais Ukmergės kalėjimo politiniais kaliniais nužudė NKVD kareiviai 1941 m. birželio 24 d. Zarasų rajone. Po karo rūmai priklausė Krikštėnų tarybiniam ūkiui, buvo apleisti, vėliau paremontuoti ir vėl apleisti. 1994 m. Krikštėnų dvaras buvo grąžintas de Bondi paveldėtojams.

Paveldėtoja savo seneliams priklausiusio dvaro atstatyti nesiryžo. Praėjus keliolikai metų po to, kai moteriai buvo grąžinta nuosavybė, ji nusprendė rūmus parduoti. Dabar jų savininkas yra Vladas Algirdas Šemeta.