Dvaras minimas nuo XVI a. pabaigos. Ldk Žygimantas Augustas už karinius nuopelnus padovanojo šias žemes P. Kognovickiui (italų kilmės dvarininkas). Jo sūnus Kazimieras vedė kaimynų dukrą Volovičaitę ir sujungė dvi valdas. Nuo lenkiško žodžio łączenie („jungimas, jungtuvės“) ir kilo vietovės pavadinimas.

Iki XIX a. Lančiūnavos valdos buvo sudarytos iš trijų dvarelių, nes turėjo tris savininkus. Dvaro rūmai statyti XIX a. pabaigoje - XX a. pradžioje. Jie neoklasicistinio stiliaus (respublikinės reikšmės architektūros paminklas). Rūmus pastatė Kognovickiai. Jie susideda iš centrinės dviaukštės dalies ir dviejų šoninių vienaaukščių sparnų. Centrinę dalį akcentuoja įgilintas portikas su dviem kolonomis. Dvarą supa geometrinio tipo parkas, liepų alėja veda į buv. dvaro palivarką. Kurį laiką veikė dvaro mokykla. 1940 m. dvaras buvo nacionalizuotas, rūmuose įsteigta dvimetė žemės ūkio mokykla. 1958 m. ši mokykla pertvarkyta į technikumą, o 1990 m. – vėl į žemės ūkio mokyklą.