Lankeliškių bažnyčiai 1609 m. dovanoti 3 valakai Lankeliškių ir 3 valakai Skerpievių kaimuose. Nuo 1612 m. pradėtos rašyti metrikų knygos. Apie 1763 m. supuvusiai bažnyčiai pakeisti sienojai. 1805 m. griūvančioje bažnyčioje uždraustos pamaldos, pastatyta laikina stoginė. 1817 m. pastatyta nauja mūrinė bažnyčia. Ją 1845 m. konsekravo Seinų vyskupas Povilas Strašinskis. XVIII a. pab.-XIX a. pirmojoje pusėje su pertraukomis veikė parapinė mokykla. 1907 m. įsikūręs „Žiburio“ draugijos skyrius 1908 m. įsteigė biblioteką – skaityklą. 1912–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius. Klebono Vaclovo Balsio rūpesčiu 1937 m. pastatyta parapijos salė.

Vos prasidėjus Antrajam pasauliniam karui, 1941 m. birželio 22 d. traukdamiesi raudonarmiečiai V. Balsį ir su juo buvusį Marijampolės gimnazijos kapelioną vikarą Joną Petriką bei Vilkaviškio kunigų seminarijos profesorių Justiną Dabrilą suėmė ir nuvežę į netoliese esantį Budavonės mišką žiauriai nukankino. V. Balsys palaidotas šventoriuje. Parapijiečiai pastatė paminklą kankiniams, bet 1944 m. grįžus sovietams jis susprogdintas ir oficialiai paskelbta, kad kunigus nukankino naciai. 1944 m. vokiečiai bažnyčią susprogdino. 1948 m. pastatyta laikina medinė bažnyčia.

1989 m. atstatytas paminklas kankinimų vietoje, jį pašventino vyskupas Juozas Žemaitis.