Liškiava rašytiniuose šaltiniuose pradėta minėti nuo 1044 metų. Žmonės dabartinės Liškiavos apylinkėse gyveno jau antrame tūkstantmetyje prieš Kristų. Pirmoji nedidelė medinė parapijos bažnyčia Liškiavoje pastatyta 1450 m. Pabrėžtina, kad dominikonams Liškiavos parapija niekada nepriklausė. Visą laiką parapija turėjo savo bažnyčią ir kleboną. 1697 m. balandžio 22 d. Vladislovas Jurgis Kosyla su žmona Kristina visus savo turtus testamentu užrašė dominikonų vienuolynui, kad šis melstųsi už mirusį vienintelį sūnų Florijoną ir už jį patį su žmona. Pasitaręs su Seinų dominikonais, Vladislovas Jurgis Kosyla nutarė Liškiavoje įsteigti naują dominikonų vienuolyną ir pastatyti Švč. Trejybės garbei skirtą bažnyčią. Testamentą 1699 m. rugpjūčio 17 d. patvirtino Lietuvos didysis kunigaikštis Augustas I. 1699 m. iš Seinų į Liškiavą atvyko šeši dominikonai ir apsigyveno Liškiavos dvaro rūmuose. Tačiau Kosylos giminės nebuvo jiems svetingi. Pirmieji atvykę dominikonai buvo sumušti ir iš Liškiavos išvyti. Ir tik 1703 m. vyriausiasis Lietuvos tribunolas grąžino dominikonams paveldėtus turtus, ir jie tvirtai įsikūrė Liškiavoje.

Dominikonai pasistatydino vertingą XVII a. vėlyvojo baroko architektūrinį ansamblį. Bažnyčios ir vienuolyno ansamblis pradėtas statyti 1703 m. ir visiškai užbaigtas 1741 m. Šį ansamblį ėmėsi statyti Liškiavos dominikonų vyresnysis (prijoras) tėvas Remigijus Masalskis. Buvo pastatytas dviejų aukštų mūrinis vienuolynas su dideliais rūsiais. Priešais vienuolyną stovėjo svirnas. Prie vienuolyno – šeimyntrobė, skalbykla ir ūkiniai pastatai. Platus kiemas aptvertas aukšta mūrine tvora. Prie vakarinio vienuolyno galo dominikonai buvo pasistatę dviejų kambarių pastatą, vadinamąjį forstoriumą, vienuolių susitikimams su svečiais, giminėmis. Visoje Nemuno pakrantėje užveistas plačiausias sodas, puoselėti daržai. Buvo iškasta tvenkinių ir užveista žuvies. XVIII amžius – Liškiavos dominikonų klestėjimo laikotarpis. Tačiau nuo 1795 m., po trečiojo Lietuvos–Lenkijos valstybės padalijimo, Liškiava atiteko Prūsijai. Prūsų valdžia, norėdama papildyti valstybės iždą, naikino vienuolynus ir grobė jų turtą. Liškiavos konvento turtas buvo atimtas 1797 m. 1812 m. vasario 29 d. Varšuvos hercogas Fridrichas Augustas dekretu Nr. 578 Liškiavos dominikonų bažnyčią paskelbė parapijine bažnyčia. Buvo gautas ir popiežiaus Pijaus VII (1812-10-28) leidimas. Remdamasis Varšuvos hercogo dekretu ir popiežiaus beneplacitu, Seinų vyskupas Liškiavos dominikonų Švč. Trejybės kalno konvento bažnyčią perdavė Liškiavos parapijai (1813-09-07), bet parapijos pamaldos į ją perkeltos tik 1814 m. birželio 18 d.

1814 m. birželio 18 d. miręs paskutinis Liškiavoje gyvenęs vienuolis dominikonas tėvas Luščinskas buvo palaidotas bažnyčios rūsyje. Su jo mirtimi pasibaigė šio konvento gyvavimas Liškiavoje. 1821 m. parapijai atiteko vienuolyno turtas. 1836 m. vienuolynas buvo šiek tiek suremontuotas. Dar kartą vienuolynas buvo remontuojamas tik 1939 m. Nuspręsta vienuolyne įrengti turizmo stotį. Tačiau ką tik suremontuotas Liškiavos dominikonų vienuolynas virto Lenkijos pabėgėlių stovykla. Bolševikai vienuolyną nusavino 1941 m. vasario 1 d. To nebuvo padariusi nei viena valdžia. Po Antrojo pasaulinio karo nuo 1947 m. iki 1976 m. vienuolyne buvo įsikūrusi vidurinė mokykla.

Nuo 1989 m. iki 2013 m. Liškiavoje klebonavo kanauninkas Valius Zubavičius. Per tuos metus bažnyčia ir vienuolyno pastatai buvo restauruoti ir virto tikra grožio bei meno šventove. Kanauninkas Valius Zubavičius, ypatingo talento dvasininkas, prikėlė šią šventovę naujam, mūsų dienų, gyvenimui.

„Man teko galimybė prisiliesti prie praeities, kurti dabartį ir palikti ateities kartoms savo darbų istoriją“, – šiuos žodžius kanauninkas V. Zubavičius ištarė įgyvendinęs paskutinį savo užsibrėžtą tikslą Liškiavoje – 2012 m. atstatęs šeimyntrobę. 2013 m. kanauninkas atsisveikino su Liškiava. Jis buvo iškeltas į Kauno Aleksoto šv. Kazimiero parapiją.

Nuo 1999 m. dalis ansamblio pastatų perduota viešajai įstaigai „Liškiavos kultūros centras“. Šios įstaigos pagrindiniai veiklos tikslai: rengti ir įgyvendinti kultūros, švietimo, meno plėtojimo, turizmo vystymo programas. Viso šio ansamblio dominantė ir puošmena – Švč. Trejybės bažnyčia, nuostabus vėlyvojo baroko statinys. Bažnyčios rūsiuose įrengta liturginio paveldo ekspozicija. Bažnyčioje išlikę paminkliniai 1899 m. vargonai, pagaminti Varšuvoje lenkų meistro Šimanskio. Jie pastatyti vyskupo A. Baranausko vizitacijos garbei. Šiais vargonais 1899 m. grojo K. Čiurlionis (1851–1914), garsaus menininko M. K. Čiurlionio tėvas. Prieš pagrindines šventovės duris stovi šv. Agotos – saugotojos nuo gaisrų ir žaibų skulptūra, nes 1808 m. į bažnyčią trenkė žaibas, pažeidė kupolą ir sudegino stogą. 1996 m. kan. Valiaus Zubavičiaus rūpesčiu senoji šv. Agotos skulptūra perkelta į bažnyčią jos vietoje pastačius statulos kopiją, sukurtą skulptoriaus Alfonso Vauros. Pastarasis paminklas bei minėtieji statiniai, kaip kompleksas, įtrauktas į Lietuvos Respublikos kultūros vertybių registrą bei yra saugomas valstybės. Liškiavoje yra 4 archeologijos paminklai: piliakalnis – alkakalnis, Bažnyčios kalnas, akmuo su jaučio pėda ir vadinamasis „raganų akmuo“. Liškiava garsi savo architektūros paminklais: XIV – XV a. pilis, jo bokšto liekanos; XVII a. pabaigos sakralinis ansamblis (bažnyčia, buvęs dominikonų vienuolynas, ūkinis pastatas); XVIII a. šventoriaus tvora, laiptai į šventorių; XIX a. varpinė, paminklinis stulpas su Šv.Agotos skulptūra; daug dailės paminklų išlikusių bažnyčios viduje nuo XVII iki XX amžiaus. Piliakalnyje buvusi medinė pilis VI a. pr. Kr.- IX a. po Kr. Mūrinė pilis statyta XIV – XV amžių sandūroje ir jos statyba nutraukta po Žalgirio mūšio (1410m.).