Fabrikas pradėjo veikti 1931 m. spalio 15 d. Pirmasis fabriko direktorius buvo Juozas Jankauskas. Fabriko pajėgumas buvo nuolat didinamas. 1935 m. Fabrike buvo kilęs gaisras, jo metu sudegė pirmasis
cukraus sandėlis ir jame buvusios 3000 tonų baltojo cukraus. Sandėlis buvo greitai atstatytas. Kaip ir visoje Lietuvoje, Antrojo pasaulinio karo metais Marijampolės cukraus fabrike vadovybė keitėsi net tris kartus. 1940 – 1941 m. fabrike šeimininkavo sovietinė valdžia. 1941-1944 m. - nacistinės Vokietijos okupacija. Karo pabaigoje, kai jau buvo aišku, kad vokiečiai pralaimi, atsitraukdami iš Lietuvos jie užminavo Marijampolės cukraus fabriką. Laimei, viso fabriko nepavyko susprogdinti.

Antrosios sovietinės okupacijos metais fabrikas buvo atstatytas. 1962 m. prasidėjusi fabriko rekonstrukcija vyko iki 1990 m. 1998 m. rugsėjį fabrikas perėjo į Danijos įmonės „Danisco Sugar“ rankas, tačiau, po kurio laiko įmonei bankrutavus, fabriką buvo nutarta uždaryti. Tik atsižvelgus į ryžtingas fabriko darbuotojų ir cukrinių runkelių augintojų protesto akcijas Vyriausybė leido įmonę išpirkti. 1999 m. įmonių grupė „Arvi“ perėmė sunkioje finansinėje būklėje atsidūrusį seniausią Lietuvos cukraus fabriką ir jį modernizavo pagal Vokietijos specialistų parengtą projektą.

Fabrikas kur kas modernesnis nei prieš 8 dešimtmečius, tačiau iki šiol, metai iš metų Marijampolės cukraus fabrike kartojamas tas pats ritualas: žmogus su degančiu fakelu lėtai kyla prie didžiulės krosnies
angos. Po kurio laiko fakelas pradingsta krosnies nasruose ir ten, viduje, pradeda siautėti ugnis. Taip prasideda dar vienas cukraus sezonas. Kai iš kamino pradeda virsti tiršti dūmai, miestas sužino, kad prasideda naujas cukraus gamybos sezonas ir kelio atgal nebėra: „Fabrikas užsikūrė“.

Pirmasis Lietuvoje ir vis dar veikiantis Lietuvos cukraus fabrikas senojo industrinio kultūros paveldo objektas. Čia įkurtas muziejus - Lietuvos cukraus klubas - kuriame yra įvairių eksponatų iš fabriko veiklos istorijos, autentiškas direktoriaus kabinetas, galima paragauti melasos, nusikalti monetą. Norintys aplankyti unikalų objektą, gali užsisakyti ekskursijas „Saldžiamiestis“ ir „Runkeluko kelionė“. Jų metu lankytojai kviečiami susipažinti su seniausio Lietuvoje cukraus fabriko istorija, pamatyti cukraus gamybos kelią, aplankyti fabrike įrengtą muziejų, pajusti dar tarpukario metu pastatyto fabriko dvasią ir įsiamžinti prie paminklo cukriniam runkeliui.