Piliakalnis įrengtas Neries ir Šlėnos upelio santakoje, dešiniajame Neries krante. Piliakalnio šlaitai statūs, 20–30 m, į Neries upę – skardingi, iki 43 m aukščio. Aikštelė pailgo trikampio formos , 50x130 m dydžio. Senovėje piliakalnis buvo gerai įtvirtintas. Dar ir šiandien iš trijų pusių piliakalnio aikštelę juosia 1–4 m aukščio gynybiniai pylimai ir 0,5–2 m gylio grioviai. Ant pylimų viršaus greičiausiai dar stovėjo medinės rentininės konstrukcijos pilys. Tokios pilys, kuriose galėjo tilpti iki 100–150 gynėjų, buvo skirtos apsiginti nuo grobiamųjų antpuolių, ypač sustiprėjusių nuo XIII a., Pabaltijyje įsikūrus Kalavijuočių ir Kryžiuočių ordinams. Pagal išorinius požymius piliakalnis datuojamas II tūkstantmečio pirmąja puse. Pradžioje čia buvusi vietinio didžiūno rezidencija. XIII a., susikūrus Lietuvos valstybei, ant Mažųjų Žinėnų piliakalnio stovėjusi pilis veikiausiai perėjo į didžiojo kunigaikščio rankas. Kartu su kitomis Neries žemupio bei Nemuno vidurupio pilimis Mažųjų Žinėnų pilis sudarė vidurio Lietuvos gynybinę sistemą.