Kalbama, kad vietovardis kilęs nuo rusų kunigaikščių Mirskių, kuriems po Lenkijos-Lietuvos valstybės padalinimo atiteko čia buvęs kaimas. Rašytiniuose istoriniuose šaltiniuose toks faktas neminimas. Pirmasis žinomas valdos savininkas buvo grafas Dimitrijus Zubovas. 1836 m. ūkį paveldėjo Nikolajus Zubovas. Pasinaudojęs kareivių palikta Ventos-Dubysos perkaso statybos įranga, jis ties Mirskiške užtvenkė Dubysą ir pastatė vandens malūną. XIX a. pabaigoje čia jau buvo stambus Bubių dvaro ūkinis centras (palivarkas). Miskiškės malūnas mažiausiai tris kartus buvo rekonstruotas (1908, 1928 ir 1937 m.). Naudotas pagal paskirtį iki 1980-ųjų. XX a. pradžioje grafo vaikaitei Kotrynai Zubovaitei ištekėjus už Vlado Kurkausko, Mirskiškė tapo savarankiškas jaunos šeimos dvaras. Dvaro šeimininkas Vladas Kurkauskas (1895–1970) buvo Lietuvos karininkas, inžinierius, aktyvus ūkinių organizacijų veikėjas. 1919–1920 m. jis ėjo Vilniaus komendanto, o 1935–1936 m. - Klaipėdos krašto gubernatoriaus pareigas. 1936-1940 m. buvo Prekybos, pramonės ir amatų rūmų pirmininkas, Seimo narys. Sovietų Sąjungai okupavus Lietuvą, Mirskiškės dvaras buvo nacionalizuotas. V.Kurkauskas pasitraukė į Vokietiją, per karą grįžo namo, ūkininkavo, vėliau slapstėsi. Po Stalino mirties jam pavyko legalizuotis, dirbo agronomu, mechaniku. Palaidotas Kurtuvėnų kapinėse. Kotryną Zubovaitę Kurkauskienę nužudė sovietų kariai. Iki šių dienų yra išlikę mediniai Mirskiškės dvaro rūmai ir kai kurie ūkiniai pastatai. Netoli dvaro sodybos yra I-ojo pasaulinio karo karių kapinės, vakaruose plyti Paraudžių miškas.