Iki 1795 m. Naisiai priklausė valstybės iždui, Šiaulių ekonomijai. Kartu su visa Šiaulių ekonomija Rusijos imperatorė Jekaterina II Naisius padovanojo grafui Platonui Zubovui.

1904 m. balandžio 19 d. Vilniaus švietimo įstaigos globėjo nurodymu grafui Vladimirui Zubovui leidžiama jo dvaruose atidaryti keturias vienaklases pradines mokyklas. Viena iš jų pradėjo veikti Naisiuose. Pirmoji mokytoja – Ana Guseva, baigusi Sankt Peterburgo progimnaziją, iki tol dirbusi Naisių dvaro valdytojo E.Gaidamavičiaus vaikų mokytoja.

Po Pirmojo pasaulinio karo dvaras priklausė Aleksandrai Zubovaitei Fledžinskienei.

Tarybiniais metais Naisiai buvo vieno iš geriausių Lietuvoje kolūkio „Už taiką“ centras.

1987 m. spalio 17 d. dvaro rūmuose – poeto Zigmo Gaidamavičiaus-Gėlės (1894–1912) m. – gimtajame name įsikūrė literatūros muziejus.