Į seniausius rašytinius šaltinius pateko ne paties Pajūrio, o ties juo į Jūrą įtekančio Nemylo upelio pavadinimas. Jis minimas dar XIV amžiuje. Pajūrio (lenk. w Poiurzu) vietovardis pirmąkart įvardintas 1498 metais. Pajūrio valsčius minimas nuo 1514 metų.

Nuo 1521 metų šaltiniuose minimi Pajūrio valsčiaus tijūnai – valstybinių žemių valdytojai. Tijūno pareigas Pajūryje (1600–1615 m.) ėjo ir Jeronimas Valavičius, LDK iždininkas, Žemaitijos seniūnas, organizavęs jos gynybą nuo švedų. Pajūris mįslingai pažymėtas 1526 metų Bernardo Vapovskio žemėlapyje.

Pirmoji Pajūrio bažnyčia iškilo 1777–1780 metais. Nuo 1852 metų miestelyje pradėti rengti savaitiniai turgūs, o triskart per metus – prekymečiai. 1853–1863 metais miestelyje veikė parapijinė, o nuo 1867 – rusiška valdiška mokykla. Kaip valdovų dvaras žinomas nuo XVI a.