XVIII a. Panerių dvarą kūrė karališkojo dvaro šambelionas (tvarkytojas) Simonas Liudvikas Gutakovskis (1783–1811). XVIII a. pabaigoje jis dvarą pardavė kitam karališkosios tarnybos tarnautojui, buvusiam karaliaus sekretoriui S. Puzinai, kuris 1819 m. testamentu dvarą perdavė dukrai Aleksandrai, ištekėjusiai už J. Riomerio. Po to dvarą valdė jų sūnus Stanislovas Riomeris, o po jo vėl perėjo į moteriškas rankas – jo dukra Marija ištekėjo už A. Chrapovickio nuo Dotnuvos. Marijos dukra Evelina Lubeneckienė-Gostomskienė (1851–1922) su vaikais iš pirmosios santuokos buvo paskutiniai dvaro valdytojai, kadangi dvaras per žemės reformą 1922 m. išparceliuotas. Iki šių dienų geriausiai išsilaikė dviaukščiai dvaro rūmai. Greta tebestovi dvaro ūkiniai pastatai: oficina, tvartai, kumetynas, ledainė. Dvarą supa nedidelis labiau geometrinio plano parkas, įkurtas XIX amžiaus pabaigoje. Jame vyrauja vietiniai medžiai. Iki šiol parke išliko liepų alėja, senolis ąžuolas. Senuose dvaro parko medžiuose peri daugybė giesmininkų paukščių rūšių, drevėse vaikus veda naminės pelėdos.