Grafas Jonas Chodkevičius (1537-1579) 1559-1561 m. vadovavo LDK kariuomenei Livonijoje, 1564 m. paskirtas Žemaičių seniūnu. Livonijos karui grafas (titulas patvirtintas 1568 m.) išleido nemažai savo lėšų, todėl nuostoliams kompensuoti 1565 m. Žygimantas Augustas leido jam valdyti valdas Žemaičių seniūnijoje, kurias 1568 m. užrašė amžinam naudojimui. Tarp jų ir Skuodą.

Anuomet per Skuodą ėjo didysis Rytprūsių kelias iš Vokietijos gilumos į Livoniją. Chodkevičius 1572 m. gegužės 17 d. parūpino miesteliui Magdeburgo teises, Bartuvos dešiniajame krante ėmė kurtis naujoji miesto dalis - naujamiestis globėjo garbei buvo pavadintas Johanesburgu, bet vardas miestui neprigijo, liko senasis Skuodo pavadinimas.

Po Jono sūnaus Jono Karolio mirties 1621 m. vedybų keliu Skuodo dvaras kaip dukros Onos Scholastikos kraitis 1625 m. atiteko Sapiegoms, kurie jį valdė iki 1831 m., kai jį už dalyvavimą sukilime nusavino Rusijos caras. Rusai dvaro pastatus pritaikė kareivinėms.

Skuodo klebono, dekano Pranciškaus Žadeikio ir kelių ūkininkų dėka buvusiame Sapiegų dvare 1918 m. lapkričio 7 d. įsteigta Skuodo gimnazija, kuri čia veikė iki Antrojo pasaulinio karo.