Šūklių dvaras istoriniuose šaltiniuose minimas XVII a. Tuomet jis priklausė Kauno pavietui, Alvito seniūnijai. Šūklių dvaras priklausė Gavronskiams, Augustavo gubernijos dvarininkams.

XIX a. I pusėje Paežerių dvaro savininkas Vincentas Gavronskis savo valdas padalino dviems sūnums. Vyresnysis Zigmantas gavo Paežerius su puikia rezidencija, jaunesnysis Viktoras – Alvitą ir Šūklius. Viktoro sūnus Stanislavas (1860-1942), vedęs Heleną Liubomirską, buvo paskutinis Šūklių dvaro savininkas. Apie 1890 m. kunigaikštytė Helena Liubomirska – Gavronskienė iš caro valdžios išsirūpino leidimą įsteigti vaikų prieglaudą, darželį. Kaip teigia Bostono lietuviškoji enciklopedija, tai buvusi užmaskuota forma veikusi lietuviška mokyklėlė, kurioje vaikai mokėsi skaityti ir rašyti lietuviškai. Vincentas Gavronskis Šūkliuose sūnui pastatė puikius rūmus, kaip manoma, ant kryžiuočių laikus menančios pilies pamatų. Šūklių dvaras išgarsėjo ne savo architektūra, o sukauptais dailės ir meno paminklais. Rūmai buvo apstatyti Liudviko XV epochos baldais, juos puošė ir puikus angliško stiliaus parkas su gazonu.

Po karo dvare veikė mokykla, dabar dvaras apleistas.