Vilkėno dvaras, pavaldus Švėkšnos dvarui, minimas nuo 1695 m. Savarankiškas dvaras atsirado po to, kai Švėkšnos dvaro valda padalinta keturiems Pliaterių sūnums – Vilkėno dvaro pirmuoju savininku tapo grafas Pranciškus Broel-Pliateris (1798–1867). 1863 m. Vilkėno dvarą iš tėvo paveldėjo Aleksandras Broel-Pliateris (1845–1922). 1880 m. pradėtas kurti parkas. 1880–1887 m. pastatyti dviejų aukštų neorenesansinio stiliaus rūmai su bokštu.

1913 m. parke priešais šiaurinį rūmų fasadą pastatyta marmurinė Paryžiaus meistro Huberto Luji–Noelio skulptūra „Rebeka”. 1922 m. Vilkėno dvarą iš tėvo paveldėjo Janina Broel-Pliaterytė-Pliaterienė (1890–1940).

1940 m. dvaras ir jo turtas suvalstybintas. 1946 m. dvare buvo įsteigti Švėkšnos vaikų namai. 1958 m. buvęs dvaro arklidės pastatas rekonstruotas ir pritaikytas mokyklai. 1963 m. parke filmuoti filmo „Marš, marš, tra-ta-ta!“ keli epizodai (režisierius Raimondas Vabalas)

1980 m. dvaro rūmai atiteko Šilutės hidraulinių pavarų gamyklai. 1981 m. skulptūra „Rebeka” buvo išvežta į Vilnių restauruoti, tačiau po atnaujinimo nebegrąžinta, o perkelta į Palangą prie Tiškevičiaus rūmų, ant palikto pjedestalo pastatyta gipsinė jos kopija.

1993 m. rūmai ir parkas grąžinti Platerių paveldėtojai Platerienei Laimei Felicijai (1921–). 1995 m. rekonstruotas Vilkėno malūnas. 2002 m. parke per audrą išversta parko puošmena – kanadinė cūga. 2003 m. iš parko dingo apie 300 kg sveriantis akmuo su iškaltais grafo Aleksandro Platerio inicialais ir parko įkūrimo metais. 2007 m. restauruota Vilkėno dvaro rūmų išorė.