Manoma, kad dabartinis Obelių malūnas buvo pastatytas apie 1840 metus, grafo Pšezdzecko valdomo Obelių dvaro žemėje. Tačiau Obelių malūnas minimas jau XVI amžiuje. 1567 metais dvaras buvo atiduotas valdyti Grigorijui Masalskiui ir, ta proga, sudarytas inventoriaus sąrašas. Jame, be kitų pastatų, minimas ir "malūnas ežero gale". Pastatas priklausė ne vienam garsiam grafui, valdžiusiam Obelių dvarą. Tai buvo Tiškevičių, Petkevičių, Tyzenhauzų, Pšezdeckių nuosavybė. Malūne buvo įtaisyta pažangi turbina, atgabenta iš užsienio. Jo darbininkai, laikui bėgant, ne tik malė miltus, bet ir pjovė lentas. Savo geriausiais laikais Obelių dvaras buvo tarp ekonomiškai pažangiausių Lietuvoje. Deja, XX amžiuje unikalaus statinio šlovė prigeso - atlaikęs karus pastatas buvo išvogtas, o vėliau ir padegtas, jau nepriklausomoje Lietuvoje.