Šiaulių universiteto botanikos sodas įkurtas 1961 m. kartu su Šiaulių pedagoginio instituto biologine stotimi. Pirmuosius augalus ir sodo kraštovaizdį čia pradėjo formuoti gamtininkas Stasys Gliaudys. Šiuo metu Botanikos sodas užima 6,5 ha plotą. Jame yra sukaupta daugiau kaip 4 tūkst. skirtingų rūšių ir veislių augalų.

Botanikos sodui nuo 2000 m. įsitraukus į tarptautinę biologinės įvairovės išsaugojimo programą, sukaupta viena didžiausių Lietuvos nykstančių ir retų augalų kolekcijų, kurioje yra 95 augalų rūšys. Sode yra 17 augalų rūšių, įtrauktų į nykstančių Europos augalų sąrašus, ir 12 rūšių, įtrauktų į Europos „raudonuosius“ sąrašus.